മദ്രസകൾക്കെതിരെയുള്ള ദേശീയ ബാലാവകാശ കമ്മിഷന്റെ നിർദേശം നടപ്പിലാക്കുന്നതിൽനിന്ന് കേന്ദ്ര സർക്കാരിനെയും സംസ്ഥാനങ്ങളെയും വിലക്കി സുപ്രീംകോടതി വിലക്കി. അംഗീകാരമില്ലാത്ത മദ്രസകളിലെ വിദ്യാർഥികളെയും എയ്ഡഡ് മദ്രസകളിലെ അമുസ്ലിം വിദ്യാർഥികളെയും മാറ്റാനുള്ള നടപടികൾ ഉത്തർപ്രദേശ് സർക്കാർ ആരംഭിച്ചിരുന്നു. ഈ പശ്ചാത്തലത്തിലാണ് സുപ്രീംകോടതിയുടെ ഉത്തരവ്.
ഉത്തർപ്രദേശ് മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസ കൗൺസിലിൻ്റെ അംഗീകാരമില്ലാത്ത മദ്രസകളിൽ പഠിക്കുന്ന എല്ലാ കുട്ടികൾക്കും കൗൺസിൽ സ്കൂളിൽ പ്രവേശനം നൽകണമെന്ന് ഉത്തർപ്രദേശ് സർക്കാർ ജൂൺ 26ന് ഉത്തരവിറക്കിയിരുന്നു. കൂടാതെ, സർക്കാർ ധനസഹായത്തോടെയുള്ള മദ്രസകളിൽ പഠിക്കുന്ന എല്ലാ അമുസ്ലിം വിദ്യാർഥികൾക്കും ഔപചാരിക വിദ്യാഭ്യാസം നൽകുന്നതിനായി അടിസ്ഥാന വിദ്യാഭ്യാസ കൗൺസിലിൻ്റെ സ്കൂളുകളിൽ പ്രവേശിപ്പിക്കണമെന്നും കത്തിൽ ശിപാർശ ചെയ്തിരുന്നു. ഓഗസ്റ്റ് 28ന് ത്രിപുര സർക്കാരും സമാനമായ നിർദ്ദേശം പുറപ്പെടുവിച്ചിരുന്നു.
ജൂൺ ഏഴിന് യോഗി ആദിത്യനാഥ് സർക്കാരിനു ലഭിച്ച ബാലാവകാശ കമ്മിഷന്റെ കത്തിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയായിരുന്നു നടപടി. ഇതിനെതിരെ 'ജാമിയത് ഉലമ ഇ ഹിന്ദ്' എന്ന മുസ്ലിം സംഘടനയാണ് സുപ്രീംകോടതിയെ സമീപിച്ചത്. ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ഡി വൈ ചന്ദ്രചൂഡ് അധ്യക്ഷനായ മൂന്നംഗ ബെഞ്ചാണ് ഹർജി പരിഗണിച്ചത്.
യോഗി ആദിത്യനാഥ് സർക്കാരിൻ്റെ ഉത്തരവ് ഭരണഘടനാ വിരുദ്ധമാണെന്നു ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയായിരന്നു ജാമിയത് ഉലമ ഇ ഹിന്ദിന്റെ ഹർജി. അംഗീകൃതമല്ലാത്ത മദ്രസകളിലെ എല്ലാ വിദ്യാർത്ഥികളെയും സർക്കാർ-എയ്ഡഡ് മദ്രസകളിൽ പഠിക്കുന്ന മുസ്ലിം ഇതര വിദ്യാർത്ഥികളെയും സർക്കാർ സ്കൂളുകളിലേക്ക് മാറ്റണമെന്ന യുപി സർക്കാരിൻ്റെ ഉത്തരവ് പിൻവലിക്കണമെന്നായിരുന്നു ഹർജിയിലെ ആവശ്യം.
2004ലെ ഉത്തർപ്രദേശ് ബോർഡ് ഓഫ് മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസ നിയമം ഭരണഘടനാ വിരുദ്ധമാണെന്ന് പ്രഖ്യാപിച്ച അലഹബാദ് ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവ് സുപ്രീംകോടതി നേരത്തെ സ്റ്റേ ചെയ്തിരുന്നു.