ചാന്‍സലര്‍ സ്ഥാനത്തുനിന്ന് ഗവര്‍ണറെ മാറ്റാനുള്ള സര്‍വകലാശാല ഭേദഗതി ബില്ലില്‍ നിയമസഭയുടെ അംഗീകാരം. പ്രതിപക്ഷം ഉന്നയിച്ച് നിര്‍ദേശങ്ങള്‍ക്ക് ഭാഗികമായ അംഗീകാരത്തോടെയായിരുന്നു ബില്‍ പാസാക്കിയത്. പ്രതിപക്ഷ ഭേദഗതി അംഗീകരിക്കാത്തതിൽ പ്രതിഷേധിച്ച് പ്രതിപക്ഷം സഭ ബഹിഷ്കരിച്ചു. പ്രതിപക്ഷത്തിന്റെ അഭാവത്തിലായിരുന്നു നടപടികള്‍.
അതേസമയം, സംസ്ഥാനത്ത് സര്‍വകലാശാലയുടെ ചാന്‍സലറെ നിയമിക്കുന്നതിന് സമിതിയെ നിയോഗിക്കണമെന്ന് പ്രതിപക്ഷ ആവശ്യമാണ് സര്‍ക്കാര്‍ അംഗീകരിച്ചത്. 14 സര്‍വകലാശാലകള്‍ക്കും 14 ചാന്‍സലര്‍മാര്‍ വേണ്ട. എല്ലാ സര്‍വകലാശാലകള്‍ക്കും കൂടി ഒരു ചാന്‍സലര്‍ മതി. സുപ്രീംകോടതിയില്‍ നിന്നോ ഹൈക്കോടതിയില്‍ നിന്നോ വിരമിച്ച ജഡ്ജിയെ ചാന്‍സലറാക്കണം. ചാന്‍സലറെ തിരഞ്ഞെടുക്കാനായി മുഖ്യമന്ത്രി, പ്രതിപക്ഷ നേതാവ്, കേരള ഹൈക്കോടതി ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് എന്നിവരുള്‍പ്പെട്ട സമിതിയെ നിയോഗിക്കാം എന്നിങ്ങനെ ആയിരുന്നു പ്രതിപക്ഷം മുന്നോട്ട് വച്ച ഭേദഗതി നിര്‍ദേശങ്ങള്‍.
ചാന്‍സലര്‍ തിരഞ്ഞെടുപ്പ് പാനലില്‍ ഹൈക്കോടതി ചീഫ് ജസ്റ്റിസിന് പകരം സ്പീക്കറെ ഉള്‍പ്പെടുത്താമെന്നാമെന്നാണ് സര്‍ക്കാര്‍ നിലപാട്. മുഖ്യമന്ത്രി, പ്രതിപക്ഷ നേതാവ് സ്പീക്കര്‍ എന്നിവരടങ്ങുന്ന സമിതി ആകാമെന്ന് നിയമ മന്ത്രി സഭയില്‍ വ്യക്തമാക്കി. വിരമിച്ച ജഡ്ജിമാര്‍ എന്നത് എല്ലാറ്റിനും ആധികാരികമല്ലെന്നായിരുന്നു നിയമ മന്ത്രി സഭയില്‍ സ്വീകരിച്ച നിലപാട്.
പ്രതിപക്ഷത്തിന്റെ ഭേദഗതിയിലൂടെ നിലവിലെ ബില്ലിലുള്ള നിയമ പ്രശ്‌നം ഇതിലൂടെ പരിഹരിക്കാമെന്നായിരുന്നു പ്രതിപക്ഷ നേതാവ് സഭയില്‍ വ്യക്തമാക്കിയത്. പ്രൊ വൈസ് ചാന്‍സലര്‍ മുഖ്യമന്ത്രിയും മന്ത്രിമാരും ആയ സ്ഥിതിക്ക് പ്രോട്ടോക്കോള്‍ പ്രശ്‌നം ഉണ്ടാകില്ല. ബില്ലിലെ വ്യവസ്ഥയില്‍ ചാന്‍സലര്‍ക്ക് കീഴിലാണ് വകുപ്പ് മന്ത്രിമാരെന്നും പ്രതിപക്ഷ നേതാവ് പറഞ്ഞു. ബില്ല് നടപ്പാകുമ്പോള്‍ സ്വാഗതം ചെയ്യാം പക്ഷെ വിരമിച്ച സുപ്രീംകോടതി ജഡ്ജിയോ ഹൈക്കോടതി ചീഫ് ജസ്റ്റിസോ ചാന്‍സിലര്‍ ആയി വരണം. സംഘിവല്‍ക്കരണം പോലെ തന്നെ മാര്‍ക്‌സിസ്റ്റ് വല്‍ക്കരണവും കേരളം ഭയപ്പെടുന്നതായും പ്രതിപക്ഷ നേതാവ് വ്യക്തമാക്കി.
എന്നാല്‍ ഈ നിർദേശം തള്ളിയ സർക്കാര്‍ പാനലില്‍ ഹൈക്കോടതി ചീഫ് ജസ്റ്റിസിന് പകരം സ്പീക്കറെ ഉള്‍പ്പെടുത്താമെന്ന് അറിയിച്ചു
സംസ്ഥാനത്തെ ഭരണമാകെ ഗവർണർ ഏറ്റെടുത്ത പ്രതീതിയാണെന്ന് പി കെ കുഞ്ഞാലിക്കുട്ടി പറഞ്ഞു. ഗവർണറുടെ ഭരണം അംഗീകരിക്കാൻ സാധിക്കില്ല. ഗവർണറെ ചാൻസിലർ സ്ഥാനത്ത് നിന്ന് നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതാണ്. സർക്കാരിന് മേൽ മറ്റൊരു സർക്കാർ എന്ന സമീപനത്തെ അംഗീകരിക്കാൻ കഴിയില്ല. ഇത് ഫെഡറൽ സംവിധാനത്തെ പരിഹസിക്കലാകുമെന്നും അദ്ദേഹം കൂടിച്ചേർത്തു. സർവകലാശാലാ ഭരണത്തിൽ സർക്കാർ സ്വീകരിക്കുന്ന നടപടികളിൽ വിയോജിപ്പുള്ളതായും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. സർക്കാർ നിയന്ത്രിക്കേണ്ട ഗവർണർ, ഭരണം ഏറ്റെടുത്താൽ നഖശിഖാന്തം എതിർക്കുമെന്നും പി കെ കുഞ്ഞാലിക്കുട്ടി പറഞ്ഞു. രാഷ്ട്രീയ സംഘടനകളുടെ ഹെഡ് ഓഫീസ് ആയി സർവകലാശാലകൾ മാറുന്നതായും അദ്ദേഹം ആരോപിച്ചു.