ഐ എസ് ആർ ഒ മുൻ ശാസ്ത്രജ്ഞരായ എസ് നമ്പി നാരായണനും ഡി ശശികുമാരനും മാലദ്വീപ് സ്വദേശികളായ മറിയം റഷീദയും അന്തരിച്ച ഫൗസിയ ഹസനും പ്രതികളായി കേരള പോലീസ് 1994-ൽ റജിസ്റ്റർ ചെയ്ത ചാരക്കേസ് പോലീസ് ഉദ്യോഗസ്ഥരും കേരളത്തിലെ ഐ ബി ഉദ്യോഗസ്ഥരും നടത്തിയ ഗൂഢാലോചനയുടെ ഭാഗമാണെന്ന് സിബിഐ. ഗൂഢാലോചനയുടെ ആസൂത്രകരായി കണ്ടെത്തിയ മുൻ ഡി ജി പിമാർ ആർ ബി ശ്രീകുമാറും സിബി മാത്യൂസും ഉൾപ്പെടെയുള്ള അഞ്ച് അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥരെ പ്രതിയാക്കി സി ബി ഐ ഡൽഹി യൂണിറ്റ് തിരുവനന്തപുരം ചീഫ് ജുഡീഷ്യൽ മജിസ്‌ട്രേറ്റ് കോടതിയിൽ കുറ്റപത്രം സമർപ്പിച്ചു.
കേരള പോലീസിൽനിന്ന് വിരമിച്ച ഉദ്യോഗസ്ഥരായ എസ് വിജയൻ, കെ കെ ജോഷ്വ, മുൻ ഐ ബി ഉദ്യോഗസ്ഥനായ പി എസ് ജയപ്രകാശ് എന്നിവരാണ് മറ്റു പ്രതികൾ. തിങ്കളാഴ്ച സിബിഐ ആസ്ഥാനത്ത്നിന്നുള്ള ഉദ്യോഗസ്ഥർ കോടതിയിലെത്തി സമർപ്പിച്ച കുറ്റപത്രത്തിന്റെയും അനുബന്ധ രേഖകളുടെയും വസ്തുതാപരവും സാങ്കേതികവുമായ വശങ്ങൾ കോടതി ഉദ്യോഗസ്ഥർ പരിശോധിക്കുകയാണ്. പിഴവുകളില്ലെങ്കിൽ അടുത്തയാഴ്ച കോടതി കുറ്റപത്രം പരിഗണിച്ചേക്കും.
2021 ഓഗസ്റ്റിൽ സുപ്രീം കോടതി ഉത്തരവിട്ടതനുസരിച്ചാണ് കേസിനുപിന്നിൽ ഗൂഢാലോചനയുണ്ടോയെന്ന കാര്യം സിബിഐ അന്വേഷിച്ചത്. ചാരക്കേസിനുപിന്നിലെ വസ്തുതകൾ അന്വേഷിക്കാൻ കോടതി നിയോഗിച്ച മുൻ ജഡ്ജി ഡി കെ ജെയിൻ നയിച്ച കമ്മിറ്റി കേസ് രജിസ്റ്റർ ചെയ്യുന്നതിൽ ഗുരുതരമായ വീഴ്ച പോലീസിനും അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥർക്കും സംഭവിച്ചതായി കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. തുടർന്ന്, തെറ്റായി പ്രതി ചേർക്കപ്പെട്ട നമ്പി നാരായണന് 50 ലക്ഷം രൂപ നഷ്ടപരിഹാരവും സുപ്രീം കോടതി അനുവദിച്ചു.
ഡൽഹിയിൽനിന്നുള്ള സി ബി ഐ സംഘം കേസ് അന്വേഷിച്ച ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് സംഘത്തലവനും മുൻ ഡി ജി പിയുമായ സിബി മാത്യൂസ്, അന്വേഷണസംഘത്തിന്റെ ഭാഗമായിരുന്ന അന്നത്തെ ഐ ബി ഡെപ്യൂട്ടി ഡയറക്ടറും ഗുജറാത്ത് മുൻ ഡിജിപിയുമായ ആർ ബി ശ്രീകുമാർ എന്നിവർ ഉൾപ്പെടെ അഞ്ച് ഉദ്യോഗസ്ഥർക്കെതിരെ പ്രഥമവിവര റിപ്പോർട്ട് സമർപ്പിച്ചിരുന്നു. തുടർന്ന് ഇവർ അഞ്ചുപേരും ഹൈക്കോടതിയിൽനിന്ന് മുൻ‌കൂർ ജാമ്യം നേടി. സി ബി ഐ നൽകിയ അപ്പീലിൽ ഈ മുൻ‌കൂർ ജാമ്യം പുനഃപരിശോധിക്കാൻ സുപ്രീം കോടതി നിർദേശിച്ചു. വീണ്ടും വാദംകേട്ട ഹൈക്കോടതി 2023 ജനുവരിയിൽ അഞ്ചു പ്രതികൾക്കും മുൻ‌കൂർ ജാമ്യം അനുവദിച്ചു.
ഡൽഹിയിൽനിന്നുള്ള സിബിഐ സംഘം മാസങ്ങളോളം തിരുവനന്തപുരത്ത് തങ്ങിയാണ് ഗൂഢാലോചന കേസിൽ അന്വേഷണം പൂർത്തിയാക്കിയത്. കേസുമായി ബന്ധപ്പെട്ട വാർത്തകൾ 1994 - 95 കാലത്ത് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ട മാധ്യമപ്രവർത്തകരും ശ്രീകുമാറിന്റെയും സിബി മാത്യൂസിന്റെയും കുടുംബ സുഹൃത്തുക്കളും ഐ എസ് ആർ ഒ ഉദ്യോഗസ്ഥരുമുൾപ്പെടെ അൻപതോളം പേരുടെ മൊഴി സംഘം രേഖപ്പെടുത്തിയിരുന്നു. വ്യക്തമായ തെളിവുകളൊന്നുമില്ലാതെയാണ് കേസ് രജിസ്റ്റർ ചെയ്തതെന്നും പോലീസിനെ സഹായിക്കാൻ ഐ ബി ഉദ്യോഗസ്ഥർ കാട്ടിയ വ്യഗ്രത സംശയാസ്പദമാണെന്നും കുറ്റപത്രത്തിൽ പരാമർശമുണ്ടെന്ന് അറിയുന്നു.