നിയമ വിദ്യാര്‍ഥിനിയെ പീഡിപ്പിച്ച കേസില്‍ സ്വാമി ഗംഗേശാനന്ദയ്ക്ക് എതിരെ ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് സമര്‍പ്പിച്ചിരുന്ന കുറ്റപത്രം ഗുരുതര പിഴവുകളെ തുടര്‍ന്ന് കോടതി മടക്കി നല്‍കി. അഡീഷണല്‍ ചീഫ് ജുഡീഷ്യല്‍ മജിസ്ട്രേറ്റ് എല്‍സ കാതറിന്‍ ജോര്‍ജാണ് കുറ്റപത്രം മടക്കിയത്.
ക്രൈംബ്രാഞ്ച് ഡിവൈഎസ്പി ഷൗക്കത്തലി സമര്‍പ്പിച്ച കുറ്റപത്രത്തില്‍ പ്രാരംഭ ഘട്ടത്തില്‍ കേസ് അന്വേഷിച്ച പേട്ട പോലീസ് തയ്യാറാക്കിയ സീന്‍ മഹസര്‍ അടക്കമുളള കാര്യങ്ങള്‍ ഉള്‍പ്പെടുത്താത്തതിനെ തുടര്‍ന്ന് കുറ്റപത്രം അപൂര്‍ണമായതിനാലാണ് കുറ്റപത്രം കോടതി മടക്കി നല്‍കിയത്. ഏറെ വിവാദം സൃഷ്ടിച്ച കേസിലാണ് ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് അശ്രദ്ധമായി കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിച്ചത്.
2020-ല്‍ സ്വാമി ഡിജിപിക്ക് നല്‍കിയ പരാതിയില്‍ തന്നെ കേസില്‍ കുടുക്കാന്‍ ചില പോലീസ് ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ അടക്കം ശ്രമിക്കുന്നതിലെ ഗൂഢാലോചന അന്വേഷിക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നു.
വീട്ടില്‍ പൂജയ്ക്ക് എത്തുന്ന സ്വാമി തന്നെ നിരന്തരം പീഡിപ്പിച്ചിരുന്നെന്നും പീഡനം സഹിക്കവയ്യാതെയാണ് താന്‍ സ്വാമിയുടെ ജനനേന്ദ്രിയം ഛേദിച്ചതെന്നും പെണ്‍കുട്ടി പോലീസിന് മൊഴി നല്‍കിയിരുന്നു. കണ്ണമ്മൂലയുളള പെണ്‍കുട്ടിയുടെ വീട്ടില്‍ വച്ചാണ് 2017 മേയ് 19 നാണ് പെണ്‍കുട്ടി സ്വാമിയുടെ ജനനേന്ദ്രിയം ഛേദിച്ചത്. ഇതിനു ഷേം വീടിന് പുറത്തേക്ക് ഇറങ്ങി ഓടിയ പെണ്‍കുട്ടിയെ ഫ്ളൈയിങ് സ്‌ക്വാഡാണ് സ്റ്റേഷനില്‍ എത്തിച്ചത്.
പെണ്‍കുട്ടിയുടെ മൊഴിയുടെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍ സ്വാമിക്കെതിരെ ലൈംഗിക പീഡനത്തിന് കേസ് എടുത്തിരുന്നു. ഇതേ മൊഴി പെണ്‍കുട്ടി മജിസ്ട്രേറ്റിന് നല്‍കിയ രഹസ്യ മൊഴിയിലും ആവര്‍ത്തിച്ചിരുന്നു. എന്നാല്‍ പെണ്‍കുട്ടി പിന്നീട് ഹൈക്കോടതിയില്‍ നല്‍കിയ സത്യവാങ് മൂലത്തില്‍ സ്വാമി ഒരിക്കലും തന്നെ പീഡിപ്പിച്ചിരുന്നില്ലെന്ന് വ്യക്തമാക്കി.സ്വാമി സ്വയം ലിംഗ ഛേദം ചെയ്തതാണെന്ന നിലപാട് സ്വീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. പിന്നീട് നിലപാട് മാറ്റിയ സ്വാമി ഉറങ്ങി കിടന്ന തന്നെ ഒരു കൂട്ടം ആള്‍ക്കാര്‍ ആക്രമിച്ച് ലിംഗ ഛേദം നടത്തിയതാണെന്നാണ് പറഞ്ഞത്.
2017 മേയ് 19ന് തിരുവനന്തപുരം കണ്ണമ്മൂലയില്‍ രാത്രിയായിരുന്നു സംഭവം. സ്വാമി ലൈംഗിക അതിക്രമത്തിനു ച്ചപ്പോൾ 23 വയസ്സുകാരിയായ വിദ്യാർഥിനി സ്വയരക്ഷയ്ക്കായി സ്വാമിയുടെ ജനനേന്ദ്രിയം മുറിച്ചെന്ന പരാതി അനുസരിച്ചാണ് പോലീസ് കേസെടുത്തു മുന്നോട്ടു പോയത്.
എന്നാൽ, ഗംഗേശാനന്ദ ഉപദ്രവിച്ചിട്ടില്ലെന്നും അതിക്രമം നടത്തിയതു പെൺകുട്ടിയുടെ കാമുകനടക്കമുള്ളവരുടെ നിർബന്ധത്താലാണെന്നും പോക്സോ കോടതിയിലും ഹൈക്കോടതിയിലും ആദ്യം പരാതിക്കാരിയും പിന്നീട് മാതാപിതാക്കളും തിരുത്തി പറയുകയായിരുന്നു. ഇതോടെ, കേസിൽ ഗൂഢാലോചനയുണ്ടെന്നു വ്യക്തമാകുകയും അന്വേഷണം ക്രൈംബ്രാഞ്ചിനു കൈമാറുകയുമായിരുന്നു.