വിഴിഞ്ഞം സംഘർഷത്തിൽ ലത്തീൻ അതിരൂപത ആർച്ച് ബിഷപ്പ് തോമസ് ജി നെറ്റോ ഒന്നാം പ്രതി. സഹായ മെത്രാൻ ക്രിസ്തുദാസ് അടക്കം അമ്പതോളം വൈദികരെയും പ്രതിപ്പട്ടികയിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. തുറമുഖ നിർമാണത്തെ എതിർത്ത് സമരം ചെയ്യുന്നവരും അനുകൂലിക്കുന്നവരും തമ്മിലുണ്ടായ സംഘർഷത്തിൽ പത്ത് കേസുകളാണ് വിഴിഞ്ഞം പോലീസ് രജിസ്റ്റർ ചെയ്തത്. ആർച്ച് ബിഷപ്പും വൈദികരും ചേർന്ന് ഗൂഢാലോചന നടത്തിയെന്നാണ് എഫ്ഐആർ. രണ്ട് ലക്ഷത്തിലേറെ രൂപയുടെ പൊതുമുതല് നശിപ്പിച്ചതിനും കേസെടുത്തിട്ടുണ്ട്.
തുറമുഖത്തിന് നേരെ അതിക്രമം നടത്തി, കലാപാഹ്വാനം, പോലീസിന് നേരെയുണ്ടായ ആക്രമണം, സ്ഥാപനങ്ങൾ അടിച്ചു തകർക്കൽ എന്നീ കുറ്റങ്ങൾ ചുമത്തിയാണ് വിവിധ പരാതികളുടെ അടിസ്ഥാനത്തിലും പോലീസ് സ്വമേധയായും കേസെടുത്തത്. ബിഷപ്പ് തോമസ് ജി നെറ്റോ കലാപാഹ്വാനം നടത്തി ജനങ്ങളെ അക്രമത്തിന് പ്രേരിപ്പിച്ചു എന്നും എഫ്ഐആറിൽ വ്യക്തമാക്കുന്നു. ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവ് ലംഘിച്ച് നിർമാണം നടത്തുന്ന സ്ഥലത്ത് അതിക്രമിച്ച് കയറിയെന്നും എഫ്ഐആറിൽ പറയുന്നു. സമരത്തിന് എത്തിയവർ സഞ്ചരിച്ചിരുന്ന മുപ്പതോളം വാഹനങ്ങളുടെ നമ്പറും എഫ്ഐആറിലുണ്ട്.
സംഘർഷം നടന്നത് ഗൂഢാലോചനയുടെ ഭാഗമാണെന്നും ആർച്ച് ബിഷപ്പും വൈദികരും ചേർന്ന് ഗൂഢാലോചന നടത്തിയെന്നും പോലീസ് വ്യക്തമാക്കുന്നു. കലാപാഹ്വാനം, നിയമവിരുദ്ധമായി സംഘം ചേരൽ, അതിക്രമിച്ച് കടക്കൽ തുടങ്ങിയ ഗുരുതരമായ വകുപ്പുകളാണ് പ്രതിപ്പട്ടികയിൽ ഉള്ളവർക്കെതിരെ ചുമത്തിയിരിക്കുന്നത്. സംഭവത്തിൽ വൈദികരടക്കം 95 പേരാണ് പ്രതിപ്പട്ടികയിലുള്ളത്. കണ്ടാലറിയാവുന്ന ആയിരത്തോളം പേർക്കെതിരെയും പോലീസ് കേസെടുത്തിട്ടുണ്ട്.