പോപുലര്‍ ഫ്രണ്ടിനെ നിരോധിച്ച ഉത്തരവില്‍ കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാര്‍ ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നത് ഗുരുതരമായ കാരണങ്ങള്‍. കേരളത്തില്‍ ഉള്‍പ്പെടെ നടത്തിയ കൊലപാതകങ്ങളും തൊടുപുഴ ന്യൂമാന്‍ കോളെജിലെ തോമസ് മാഷിന്റെ കൈവെട്ടിയ സംഭവവും നിരോധന ഉത്തരവില്‍ എടുത്തുപറയുന്നുണ്ട്.
റീഹാബ് ഇന്ത്യ ഫൗണ്ടേഷന്‍, ക്യാംപസ് ഫ്രണ്ട്, എംപവര്‍ ഇന്ത്യ ഫൗണ്ടേഷന്‍, നാഷണല്‍ കോണ്‍ഫെഡറേഷന്‍ ഓഫ് ഹ്യൂമന്‍ റൈറ്റസ് ഓര്‍ഗനൈസേഷന്‍, നാഷണല്‍ വിമന്‍സ് ഫ്രണ്ട് എന്നീ സംഘടനകളെ നിയന്ത്രിക്കുന്നത് പോപ്പുലര്‍ ഫ്രണ്ടാണെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയാണ് ഇവയ്ക്കും നിരോധനം ഏർപ്പെടുത്തിയിട്ടുള്ളത്. നിരോധന ഉത്തരവില്‍ എന്നാല്‍ എസ്ഡിപിഐയെക്കുറിച്ച് പറയുന്നില്ല. പോപുലർ ഫ്രണ്ടിൻ്റെ രാഷ്ട്രീയ സംഘടനയായിട്ടാണ് എസ് ഡി പി ഐയെ കാണക്കാക്കുന്നത്.
പ്രത്യേക സമുദായത്തിലുള്ളവരില്‍ തീവ്രവാദ ആശയങ്ങള്‍ പ്രചരിപ്പിക്കുകയാണ് പോപുലർ ഫ്രണ്ടിൻ്റെ രഹസ്യ അജണ്ടയെന്ന് നിരോധന ഉത്തരവില്‍ ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നു. ജനാധിപത്യത്തെയും ഭരണഘടനാ സ്ഥാപനങ്ങളെയും മാനിക്കാത്തതാണ് ഇവരുടെ പ്രവര്‍ത്തന രീതി. രാജ്യത്തെ ഭരണഘടന സംവിധാനത്തെ സംഘടന അംഗീകരിക്കുന്നില്ല രാജ്യത്തിന്റെ ഐക്യത്തിനും അഖണ്ഡതയ്ക്കും എതിരായി പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്ന സംഘടനയ്ക്ക് സമാധാനവും മത സൗഹാര്‍ദവും അപകടപ്പെടുത്തുന്ന തരത്തില്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കാന്‍ കഴിയുമെന്നും നിരോധന ഉത്തരവ് ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നു.
നിരോധിത സംഘടനയായ സിമിയുടെയും ജമാഅത്ത് അല്‍ മുജാഹിദ്ദീന്‍ ബംഗ്ലാദേശ് എന്നി സംഘടനകളുമായി ഇവര്‍ക്ക് ബന്ധമുണ്ട്. അന്താരാഷ്ട്ര ഭീകര സംഘടനയായ ഐഎസ്‌ഐഎസുമായി പി എഫ് ഐയ്ക്ക് ബന്ധമുള്ളതിന്റെ നിരവധി ഉദാഹരണങ്ങളുണ്ട്. ഐഎസില്‍ ചേര്‍ന്ന ചിലര്‍ കൊല്ലപ്പെടുകയും ചെയ്തു.
നിരവധി കൊലപാതകങ്ങളില്‍ പിഎഫ്‌ഐ ഭാഗമായിട്ടുണ്ടെന്നത് അവര്‍ക്ക് പ്രത്യയശാസ്ത്രപരമായും സാമ്പത്തികമായും വിദേശ സഹായം ലഭിക്കുന്നുണ്ടെന്നതും അവര്‍ രാജ്യത്തിന്റെ ആഭ്യന്തര സുരക്ഷയ്ക്ക് ഭീഷണിയാണെന്നതിന് തെളിവാണെന്ന് നിരോധന ഉത്തരവ് ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നു.
കേരളത്തിലെ നാല് കൊലപാതകങ്ങള്‍ ഉത്തരവില്‍ എടുത്തുപറയുന്നുണ്ട്. ഇതില്‍ എസ്എഫ്‌ഐ നേതാവ് അഭിമന്യുവിന്റെ കൊലപാതകവും ഉള്‍പ്പെടുന്നു. പിഎഫ്‌ഐയുടെ ഭാരവാഹികള്‍ ഇന്ത്യയില്‍നിന്നും വിദേശത്തുനിന്നും ഹവാല ഉള്‍പ്പെടുയുള്ള നിയമവിരുദ്ധ മാര്‍ഗങ്ങളിലുടെ ഫണ്ട് ശേഖരണം നടത്തുന്നതായും ഉത്തരവ് ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നു.
ഫണ്ട് ശേഖരിച്ചതിന് ശേഷം സംഘടനകളുടെ ലക്ഷ്യമായി പരസ്യപ്പെടുത്തിയ കാര്യങ്ങള്‍ക്ക് വേണ്ടിയല്ല ചിലവഴിച്ചത്. യുഎപിഎയുടെ വിവിധ വകുപ്പുകള്‍ ഉപയോഗിച്ചാണ് പി എഫ് ഐ, റീഹാബ് ഇന്ത്യ ഫൗണ്ടേഷന്‍, ക്യംപസ് ഫ്രണ്ട് ഓഫ് ഇന്ത്യ., ഓള്‍ ഇന്ത്യ ഇമാംസ് കൗണ്‍സില്‍, നാഷണല്‍ കോണ്‍ഫഡറേഷന്‍ ഓഫ് ഹ്യൂമന്‍ റൈറ്റ്‌സ് ഓര്‍ഗനൈസേഷന്‍, നാഷണല്‍ വിമന്‍സ് ഫ്രണ്ട്, ജൂനിയര്‍ ഫ്രണ്ട്, എംപവര്‍ ഇന്ത്യ ഫൗണ്ടേഷന്‍ എന്നീ സംഘടനകളെ നിരോധിച്ചത്.