ഭരണഘടനയെ എന്നും വിമര്‍ശനാത്മകമായി വിലയിരുത്തുന്ന സിപിഎമ്മിന് കോടതികളുടെ കാര്യത്തിലും എക്കാലത്തും വ്യത്യസ്ത നിലപാടുകളുണ്ട്. അതാകട്ടെ പ്രത്യയശാസ്ത്ര നിലപാടുകളുമായി ചേര്‍ന്നു നില്‍ക്കുന്നതുമാണ്."കോടതി ഞങ്ങള്‍ക്ക് പുല്ലാണ്, ബൂര്‍ഷ്വാ കോടതി തുലയട്ടെ" എന്നായിരുന്നു പാര്‍ട്ടിയുടെ മുദ്രാവാക്യങ്ങളില്‍ മുഖ്യം. എന്നാല്‍ ഭരണഘടനപ്രകാരം സത്യപ്രതിജ്ഞ ചെയ്ത് അധികാരമേല്‍ക്കുന്ന സ്ഥാനങ്ങളിലിരുന്നുള്ള അത്തരം വിമര്‍ശനങ്ങള്‍ സജി ചെറിയാനെ എന്ന പോലെ മറ്റു പലരെയും പുലിവാല് പിടിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്. മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന ഇ.എം.ശങ്കരന്‍നമ്പൂതിരിപ്പാട് തന്നെ ഇത്തരത്തില്‍ ഒരിക്കല്‍ കോടതി അലക്ഷ്യക്കേസില്‍ കുടുങ്ങിയിട്ടുണ്ട്.
"മാര്‍ക്‌സും ഏംഗല്‍സും കോടതിയെ മര്‍ദ്ദനോപകരണമായാണ് കരുതിയിരുന്നത്. ഇപ്പോഴത്തെ ഭരണവ്യവസ്ഥയിലും അപ്രകാരം തന്നെ തുടരുന്നു"
1968-ലാണ് സംഭവം. കേരള ഭൂപരിഷ്‌കരണ ഭേദഗതിബില്ലിന്റെ കടലാസ് പണികള്‍ നടക്കുന്ന സമയത്തായിരുന്നു വിവാദപരാമര്‍ശം. ആദ്യ കമ്യൂണിസ്റ്റ് മന്ത്രിസഭ പാസാക്കിയ കര്‍ഷകബന്ധുനിയമം പോലെ പുതിയ ഭൂപരിഷ്‌കരണനിയമവും കോടതി അസ്ഥിരപ്പെടുത്തുമോ എന്ന ആശങ്ക നിലനിന്നിരുന്ന കാലം. ഇ.എം.എസ് വാര്‍ത്താ സമ്മേളനത്തില്‍ പറഞ്ഞു,
"മാര്‍ക്‌സും ഏംഗല്‍സും കോടതിയെ മര്‍ദ്ദനോപകരണമായാണ് കരുതിയിരുന്നത്. ഇപ്പോഴത്തെ ഭരണവ്യവസ്ഥയിലും അപ്രകാരംതന്നെ തുടരുന്നു. ജഡ്ജിമാര്‍ വര്‍ഗതാല്പര്യത്തിനും വര്‍ഗവിദ്വേഷത്തിനും വശംവദരാണ്. വര്‍ഗവിദ്വേഷങ്ങളും വര്‍ഗതാല്പര്യങ്ങളും അവരില്‍ സ്വാധീനം ചെലുത്തുന്നുണ്ട്. ഒരു കേസില്‍ മോടിയായി വസ്ത്രം ധരിച്ച് കുടവയറന്‍ ധനികനും മുഷിഞ്ഞ വേഷമണിഞ്ഞ ദരിദ്രനും ഒരേ ആവശ്യവുമാായി സമീപിക്കുന്ന പക്ഷം നീതിപീഠത്തിന്റെ ചായ്‌വ് സ്വഭാവേന ധനവാന്റെ ഭാഗത്തായിരിക്കും. ജഡ്ജിമാരെ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതാണ് നല്ല ഏര്‍പ്പാട്. എന്നാല്‍ ഇപ്പോഴത്തെ ഭരണസംവിധാനത്തില്‍ അടിസ്ഥാനപരമായ മാറ്റം വരുത്താതെ പ്രശ്‌നം പരിഹരിക്കപ്പെടുകയില്ല."
ബാര്‍ കൗണ്‍സിലിനുവേണ്ടി അഡ്വ.നാരായണന്‍ നമ്പ്യാരാണ് മുഖ്യമന്ത്രിക്കെതിരെ കോടതിയലക്ഷ്യത്തിന് കേസ് കൊടുത്തത്.ഇ.എം.എസിന്റെ പ്രസ്താവന തികഞ്ഞ കോടതിയലക്ഷ്യമാണെന്ന് ഹൈക്കോടതി വിധിച്ചു. ആയിരം രൂപ പിഴയോ ഒരു മാസം തടവോ ശങ്കരന്‍ നമ്പൂതിരിപ്പാടിന് ശിക്ഷ വിധിച്ചു. അപ്പീലില്‍ സുപ്രീംകോടതി ശിക്ഷ ശരിവെച്ചു. ഒടുവില്‍ പിഴയൊടുക്കി സര്‍ക്കാര്‍ മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ തടവുശിക്ഷ ഒഴിവാക്കി.