1993 ജൂലൈ 29ന് മതപ്രഭാഷണത്തിനായി വീട്ടില്‍ നിന്നും ഒരു സംഘം കൂട്ടിക്കൊണ്ട് പോയതാണ് ചേകന്നൂര്‍ മൗലവിയെ. തിരിച്ച് വരാത്തൊരു യാത്രയായിരുന്നു അത്. പിന്നീട് ചേകന്നൂര്‍ മൗലവിക്ക് സംഭവിച്ചതെന്ത്?
ആദ്യം പൊന്നാനി പോലീസും പിന്നീട് ക്രൈംബ്രാഞ്ചും അന്വേഷിച്ചെങ്കിലും കാര്യമായ തെളിവുകള്‍ ലഭിച്ചിരുന്നില്ല. സിബിഐയുടെ അന്വേഷണത്തിലാണ് തിരോധാനത്തെക്കുറിച്ച് തെളിവുകള്‍ ലഭിച്ചത്. 4 സംഘങ്ങളായി ചേര്‍ന്നാണ് കൊല നടത്തിയതെന്നായിരുന്നു സിബിഐയുടെ കണ്ടെത്തല്‍. ഒൻപതാം പ്രതി ഉസ്മാന്‍ മുസലിയാരുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ കോഴിക്കോട് കാരന്തൂരിലാണ് കൊലപാതത്തിന്റെ ഗൂഢാലോചന നടന്നതെന്നായിരുന്നു സിബിഐയുടെ കണ്ടെത്തല്‍. സിബിഐ പ്രതി ചേര്‍ത്തവരില്‍ ഏറെയും കാന്തപുരം എ പി അബൂബക്കര്‍ മുസലിയാരുമായി ബന്ധമുള്ളവരായിരുന്നു. അത് പിന്നീട് വലിയ ചര്‍ച്ചകളിലേയ്ക്കും വിവാദങ്ങളിലേയ്ക്കും വഴിവെച്ചു.
9 പേരെ പ്രതിയാക്കിയായിരുന്നു സിബിഐയുടെ കുറ്റപത്രം. എന്നാല്‍ ചേകന്നൂര്‍ മൗലവിയെ വീട്ടില്‍ നിന്നും വിളിച്ചിറക്കിക്കൊണ്ട് പോയ വി വി ഹംസയെ മാത്രമാണ് ശിക്ഷിച്ചത്. ഹൈക്കോടതി ഹംസയുടെ ശിക്ഷ റദ്ദാക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു.